同步率（Synchronization）指Animus使用者与祖先记忆保持一致的程度，其数值比率由Animus系统衡量和表征。同步率使用者的行为若能与基因记忆完全一致，则达到完全同步，甚至可能进入一些受抑制的记忆。反之，失去同步值会导致记忆失去稳定，甚至导致被从记忆中强行退出。
游戏中，一旦同步值低于规定指标，Animus显示屏会闪烁蓝色和答红色光，以此警示使用专者其所在的记忆处于不稳定状态。如果同步值降到0，同步条会消失，此时做出任何异步的行动都会导致跳出当前记忆并重新读取。使用者通过Animus回顾祖先记忆时，也受到祖先在记忆中的状态的影响。戴斯蒙德·迈尔斯第一次使用Animus时几乎不断地失去同步，因为他的潜意识还没有适属应相应记忆片段带来的神经紧张和精神损伤。