巴氏灭菌和高温灭菌的区别在于工艺原理不同、使用设备不同、保存时间不同、保存环境不同、营养价值不同。巴氏灭菌也叫低温灭菌，与高温灭菌的最大区别在于杀菌的温度有很大差异。
巴氏灭菌和高温灭菌的区别
1、工艺原理不同。巴氏灭菌有两种方式，第一种是将原料加热到62℃-65℃左右，并保持30分钟，第二种是将原料加热到75℃-90℃左右，并持续保温15-16秒，高温灭菌是将原料加热到135℃-150℃左右，保持2-8秒。
2、使用设备不同。巴氏灭菌一般采用的是专门的巴氏灭菌机，高温灭菌一般采用的设备是蒸汽或热交换器。
3、保存时间不同。经过巴氏灭菌的原料需要在4℃的温度中保存，一般可以保存3-10天左右，最多不可以超过16天，经过高温灭菌的原料保存时间相对较长，大概可以保存3-6个月左右。
4、保存环境不同。经过巴氏灭菌的原料需要放置在低温环境中保存，以免高温破坏其中的营养物质，尤其是乳酸菌，经过高温灭菌的原料可以放置在常温中保存。
5、营养价值不同。巴氏灭菌的方法一般不能杀死原料中所有的细菌，只能将病菌的数量降低到对人体不会造成危害的水平，灭菌效率可达97.3%-99.9%左右，对原料的破坏程度较低，营养流失较少，高温灭菌在灭菌过程中使用的温度较高，对原料的破坏程度较高，营养流失较大，所以其营养价值相对于经过巴氏灭菌的原料来说要低一些。