尼罗河水文特征为流量较大，径流季节变化大，6-9月为汛期，含沙量多，无结冰期。尼罗河的水系特征包括源地、注入、流程、流域、支流、分布以及落差等要素。尼罗河是世界最长的河流，发源于东非高原，自南向北注入地中海，下游为地中海气候区，冬季降水量大。
尼罗河流域分为7个大区：东非湖区高原、山岳河流区、白尼罗河区、青尼罗河区、阿特巴拉河区、喀土穆以北尼罗河区和尼罗河三角洲。该河北流，经过坦桑尼亚、卢旺达和乌干达，从西边注入非洲第一大湖维多利亚湖。尼罗河干流就源起该湖，称维多利亚尼罗河。河流穿过基奥加湖和艾伯特湖，流出后称艾伯特尼罗河，该河与索巴特河汇合后，称白尼罗河。
尼罗河有定期泛滥的特点，在苏丹北部通常5月即开始涨水，8月达到最高水位，以后水位逐渐下降，1至5月为低水位。虽然洪水是有规律发生的，但是水量及涨潮的时间变化很大。产生这种现象的原因是青尼罗河和阿特巴拉河，这两条河的水源来自埃塞俄比亚高原上的季节性暴雨。
尼罗河源自布隆迪的鲁武武河，与尼亚瓦龙古河汇流后称卡盖拉河，流经卢旺达和坦桑尼亚与乌干达的边界地区，注入维多利亚湖。自维多利亚湖北端流出后称维多利亚尼罗河，入尼罗河流域水系和已建闸、坝示意图乌干达境内，不久流入基奥加湖。