庆余年的故事背景从人类大灭绝开始，由于人类互相丢核弹，导致地球陷入毁灭，核辐射充斥在大气层以内，残存的人类文明直接倒退回原始时代。
叶轻眉出山 造出大宗师
工科女博士叶轻眉穿越到故事所在时代，她进入神庙，带走了机器人中最强的五竹、一些武学秘籍和一把狙击枪。
庆余年 · 肖恩
叶轻眉的志向是推动人类文明的进步，推进科技和民主制度，于是她先选择在东夷城经商，想要通过工商业的发展来促进时代进步，但她发现商业再发达也只能为权贵创造财富，还是得从政治上着手。于是她带着五竹去了当时政局混乱，却民风剽悍、军力强悍的庆国。在东夷城期间，她认识了四顾剑，顺便点化了他，第二位大宗师出现。
庆余年 · 庆帝
这个期间叶轻眉给了庆帝霸道真气功法，但霸道真气修炼见效慢且需要经脉尽断才能升级成王道真气，这让年轻庆帝始终没有能够达到宗师水准。后来的一次远征中庆帝受伤导致经脉尽断，无意间练成王道真气，成为第三位大宗师，陈萍萍在庆帝受伤期间为了保护他而失去双腿，从此以后只能靠轮椅代步。
庆余年 · 陈萍萍
叶轻眉进京都时，京都望族叶家的顶级高手叶流云和五竹打架，被吊打后顿悟，有了成为宗师的资本，也就是第四位大宗师。
叶轻眉之死
叶轻眉在庆国的一系列改革中因为不被理解深感孤独，于是借种庆帝，怀上了范闲。此时庆帝已经察觉到叶轻眉开报纸、设立鉴查院、掌控内库，其实是要动摇君主专制。身为腹黑皇帝，他不能忍。
庆余年 · 五竹
同时叶轻眉在庆国的一系列改革和对庆帝的影响力，让太后、皇后等旧贵族忌惮，欲除之而后快。至此，杀叶轻眉的组合成立，庆帝幕后统筹，太后皇后一党冲锋在前，神庙外围策应。
庆余年 · 范闲
事后靖王、陈萍萍、范建都怀疑庆帝在叶轻眉之死中扮演的角色，各生异心。而庆帝也不能完全信任鉴查院，遂命令长公主李云睿替皇家掌管内库、组建只忠于皇室的情报组织。
庆余年 · 费介
靖王爷怀念叶轻眉，无法原谅庆帝，却无力改变什么，只能假装醉心农桑，在家种地排解忧郁。
神庙在这次合作后发现庆帝这种老封建阴谋家很适合压制人类文明的进步，于是干脆决定和庆帝合作，从此庆帝有了和神庙合作的基础。
范闲进京
范闲在澹州长大，从小练习霸道真气上卷，还在五竹的训练下掌握了一定的物理学武术，和费介学了一手医术、毒术。成年后的范闲被范建以私生子身份接回京都。
范建女儿范若若曾经在澹州和范闲度过一些日子，对范闲非常倾慕，两人一直保持书信往来，范闲回京，范若若非常高兴。范若若此时已经是京城有名的才女，和靖王世子李弘成、叶家小姐叶灵儿都是好友。
庆余年 · 林婉儿
林婉儿是长公主李云睿的女儿，因此她老公范闲按照庆帝的安排将代替李云睿掌管内库，于是长公主和范闲走到了对立面。
李云睿先是假装支持太子其实支持二皇子，但其实她是真的支持太子的，因为她和太子有不伦之恋！而她这么搞完全是因为她爱庆帝，庆帝却爱叶轻眉，于是她多年不受重视想要挑唆庆帝儿子互相坑来报复庆帝……
庆余年 · 庄墨韩
可是穿越来的范闲可是拥有《唐诗三百首》的男人，在大殿上一边喝酒一边背诗，随随便便搞出上百首神作，实力打脸庄墨韩，并留下一句：“谁说作诗得有阅历的？”
庄墨韩事后向范闲道歉，原来他弟弟就是北齐特务头子肖恩，多年前被陈萍萍抓来庆国关押，长公主要求他诬陷范闲换取弟弟的自由。
➣庆余年 · 言冰云
范闲通过五竹知道了叶轻眉留有一个箱子，老一辈们都对这个箱子又好奇又畏惧，于是夜探皇宫偷出了钥匙，发现了母亲叶轻眉留下箱子里是狙击枪和避孕药，也明白了叶轻眉对于庆国的期望。
因为范闲来到京都后的优秀表现，庆帝对这个私生子非常喜爱和信任，事实上迎娶林婉儿夺取内库，就是庆帝的安排，他觉得长公主在背后撺掇他几个儿子斗争，越来越不像话了，通过支持范闲来打击长公主。
庆余年 · 范建
范闲接到了出使北齐的使命，接回庆国在北齐被抓的特务头子言冰云。
言冰云的父亲是完全忠于陈萍萍的，而他本人也是完全陈萍萍留给范闲的好帮手，言冰云在北齐被抓完全是因为长公主的出卖。