汤姆·索亚是一个聪明但调皮的男孩。他父母双亡，住在严厉但也十分疼他的波莉姨妈家里。他活泼好动，还有着许多精灵鬼点子，而且不爱学习，总喜欢逃了学去钓鱼、和流浪儿哈克贝利·芬去闲逛、玩“海盗”、搜集各种奇怪的物品……等等。他甚至喜欢上了名叫蓓琪·撒切尔的女孩，并想尽办法来“追求”她。一日半夜，汤姆和哈克贝利去坟地“试验”用死猫治疣子的方法时，意外地遇上了一场谋杀案——去盗尸的罗宾逊大夫、印第安乔和酒鬼波特三个人发生争执，一怒之下，印第安乔把罗宾逊大夫杀了，并把杀人罪赖到了被打晕的波特身上。当时吓得够呛的汤姆和哈克发誓，要对此事严守秘密。但汤姆在很长时间内一直陷于不安之中。
后来，汤姆由于蓓琪和他怄气而与好友乔埃·哈波一起离家出走，和哈克一起坐筏子到一个小岛上去当“海盗”。镇上的人不知道他们的去向，以为他们在河里淹死了。在为他们举行葬礼的那天，他们三人却“奇迹般地”出现了。汤姆成了学校里的英雄。蓓琪也在不久之后与他重归于好……
不久后，法院终于要审理那场凶杀案——大家都以为凶手是波特时，汤姆克服恐惧，告发了印第安乔，但乔却当场逃走了。汤姆陷入了极度不安之中。
一天，汤姆和哈克走进河边的一所“闹鬼”的老房子。他俩上了楼，不一会儿，看到楼下来了两个人，原来正是印第安人和他的同伙。这两人不知从什么地方弄来了不少钱，正往地里埋。没想到竟从地里挖出一个箱子，打开一看，里面全是钱。这时印第安人听到一点响动，他怀疑楼上有人，就想上去看看。汤姆和哈克正在不知如何是好时，早已朽烂的楼梯塌了，印第安人没能上楼。
后来，汤姆侦察出印第安人乔住进了一个客栈，他和哈克合计趁印第安人乔外出时，搬走钱箱。几天后，蓓琪、汤姆和一些其他朋友去“野餐会”，他们来到了麦克杜格尔洞——一个迷宫般的岩洞里玩。汤姆和蓓琪光顾着玩耍，脱离了大伙儿，迷路了。他们在洞里历尽波折，饥饿、干渴、黑暗和恐惧不断袭击着无助的他们。过了好几天，他们也没找到出路。更可怕的是，他们在洞中看见了印第安乔……
同一天晚上，哈克发现印第安人乔和他的同伙挟着东西上山了，哈克想他们肯定是转移财务，就远远地跟踪。印第安人来到一个寡妇的山庄，要对寡妇下毒手，哈克忙敲开一户人家的门，在这家人的帮助下，救出了寡妇。
镇上的人们都以为他们死在洞中了，波莉姨妈和撒切尔一家都悲痛极了。直到一天半夜——镇上突然喧闹起来——汤姆和蓓琪被找到了！原来，汤姆牵着绑在石头上的风筝线探路，最后找到了一个出口。最后被几个好心人送了回来。
由于这件事，洞口被封了。汤姆知道后，便把印第安人乔在洞里的事告诉了蓓琪的爸爸撒切尔法官。法官便带人去查看，洞门被打开了，但印第安人乔早就饿死了。
后来，汤姆经过分析，判定宝藏已经被印第安人乔藏到岩洞中了。于是他和哈克偷偷地潜入到岩洞中，并根据他们偷听到的描述，找到了一个宝箱——里面有一万两千余元！发现宝藏的他们成了大富翁。汤姆和哈克平分了这笔钱。哈克救过庄园主寡妇，寡妇很喜欢哈克，变收下哈克作自己的养子。
从此以后，汤姆和哈克变成了小镇上的“风云人物”，不仅走到哪儿都会受到欢迎，而且他们俩的小传还登在了镇报上……