1、冷藏保存法：首先要将蒜苗充分预冷，预冷的主要目的是降低蒜苗的呼吸强度，以便于存储和运输。将蒜苗充分预冷后，放入冰箱存储，装入筐或板条箱内，或直接堆垛在贮藏的货架上，使库温控制在1℃左右。这样蒜苗就可以保存的时间比较久，而且还可以是蒜苗保持鲜度。
2、降氧法：降氧法又可以分为两种：快速降氧法和自然降氧法，前提都是密封保存。快速降氧法法指的是密封之后连续抽氧灌氮3到4次，自然降氧法指的是蒜苗密封之后，袋中的氧气由蒜苗自行吸收。在这里需要的是，保存环境的含氧量要控制在3%，二氧化碳在10%左右为好。
3、充二氧化碳法：使用这种方法时，蒜苗密封好之后，先吸出袋中的少量气体，然后充入二氧化碳，让氧气和二氧化碳含量基本相同即可。
4、堆垛法：将蒜苗放凉后装进条板箱里，或者直接堆在货架上，其温度最好设定在1℃左右。保存蒜苗新鲜最重要的就是温度。
5、真空保存法：将蒜苗放进密封袋中，抽部分空气之后密封保存。保存蒜苗的袋内氧含量宜在1-3%，二氧化碳含量在10%，温度应为14-16℃。