马耀南7岁入私塾，后考入 周村高等小学。1920年考入济南省立第一中学。1924年考入天津 北洋大学攻读机 械工程学。在校期间，被选为北洋大学学生联合会和天津市学生联合会的负责人。他信仰 孙中山“联俄、联共、扶助农工”的三大政策，参加了国民党。1930年，他以优异的成绩毕业，获得学士学位。马耀南积极投身反帝爱国运动，与进步同学一起组织反日会，到街头、农村宣传抗日救国，抵制日货。1929年出席国民党第三届全国代表大会，目睹国民党的黑暗腐败，愤而退席。后参加国民党的改组派，参与反蒋活动，后被开除国民党 党籍，并遭国民党通缉。 1930年，马耀南以天津学界代表的身份参加了国民党在南京召开的第三次全国代表大会，并参加了倒蒋(介石)运动。同年(1930年)，国民党以亲共反蒋的罪名开除了他的党籍，并下令通缉。他决定摒弃国民党，走“教育救国”的道路。1933年，被 长山县的乡绅们，联名邀请回本县当了 长山中学的校长。
1937年“七七”事变发生后，他看到国土沦丧，民众倒悬，便毅然投笔从戎参加了革命。1937年12月，他同 姚仲明、 廖容标、 赵明新同志一起领导了著名的 黑铁山起义，担任了山东人民抗日救国军 第五军参谋长， 八路军山东人民抗日游击队第三支队司令员。同年10月加入中国共产党。1939年7月22日，在 桓台县牛王庄突围战斗中不幸中弹牺牲。时年37岁。